L'application du droit de l'environnement implique également que la mise en œuvre des décisions ainsi que des conditions et mesures qui y sont ordonnées soit vérifiée par des contrôles de l’autorité. La pratique actuelle est encore insatisfaisante (cf. sur l'ensemble du sujet : Contrôles du respect du droit de l’environnement sur les chantiers de la Confédération, rapport final du 15 janvier 2016). Les lacunes actuelles dans la garantie de la surveillance des chantiers fédéraux doivent être comblées par la prescription du présent processus standard.
Le processus standard pour déterminer la nature et l’étendue des contrôles du respect du droit de l’environnement sur les chantiers fédéraux commence dès l’élaboration du projet. Concernant les contrôles du respect du droit de l’environnement sur un chantier fédéral, le maître d’ouvrage (respectivement le bureau spécialisé en environnement mandaté par lui) fait (en règle générale dans le RIE) une proposition de contrôles à exécuter par le SER. Ainsi, il peut également se faire une idée des coûts auxquels s’attendre dans ce domaine et les intégrer au devis du projet.
Le projet mis à l'enquête publique comprend donc désormais, en plus des documents relatifs au projet, une proposition de programme de contrôle des autorités, y compris une estimation des coûts. L'étendue du programme de contrôle dépend fortement de l'importance environnementale du projet de construction.
Dans un premier temps, le maître d'ouvrage détermine l'importance environnementale du projet prévu à l'aide d'indicateurs simples (obligation d'EIE, montant des travaux et potentiel d'atteintes graves aux objectifs de protection des milieux sensibles). Outre les cas de peu d'importance selon les accords passés par l'OFEV avec les offices fédéraux concernés, il convient de distinguer les projets de faible importance environnementale (cat. 2), les projets d'importance environnementale moyenne (cat. 3) et les projets d'importance environnementale majeure (cat. 4).